ตรวจคนเข้าเมืองจังหวัดจันทบุรี มีหน้าที่ความรับผิดชอบในด้านต่างๆ ดังนี้
1. งานอำนวยการ
- งานธุรการทั่วไป
- งานบริหารงานบุคคล
- งานสวัสดิการและบ้านพัก
- งานนโยบายและแผน
- งานสถิติและวิชาการ
- งานการเงิน บัญชี และงบประมาณ
- งานพัสดุ ครุภัณฑ์ ยานพาหนะ อาคาร สถานที่
2. งานบริการคนเข้าเมือง
- งานรับคำขอมีถิ่นที่อยู่ในราชอาณาจักร
- งานอนุญาตอยู่ต่อในราชอาณาจักรเป็นการชั่วคราว
- แจ้งที่พักอาศัยและรายงานตัวอยู่ในราชอาณาจักรเดินกว่า 90 วัน
- งานอนุญาตเพื่อกลับเข้ามาในราชอาณาจักรอีก
3. งานสืบสวนปราบปราม
- สืบสวนปราบปรามผู้กระทำผิดป้องกันและปราบปรามแรงงานต่างด้าวเข้าเมืองผิดกฎหมาย
- ควบคุมคนต้องห้าม ได้แก่ งานผลักดัน - ส่งกลับ คนต่างด้าว
- งานการข่าวด้านความมั่นคง และอาชญากรรมข้ามชาติ
4. งานตรวจบุคคลและพาหนะ
- งานตรวจบุคคลและพาหนะที่เดินทางเข้า – ออก ราชอาณาจักร
- งานดำเนินการเกี่ยวกับคนต้องห้ามซึ่งมีลักษณะต้องห้ามเดินทางเข้า – ออก ราชอาณาจักร
- งานดำเนินการเปรียบเทียบปรับกรณีอยู่ในราชอาณาจักรโดยการอนุญาตสิ้นสุด
